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En un futuro alternativo, la raza humana le da caza a una especie de personas conocidas como Yokais, estos seres no son diferentes a las personas comunes, son simples humanos con una mutación genética que les brindan increíbles y variadas habilidades animales, la historia se centra en Lucy, una joven de 18 años de especie desconocida que descubre sus habilidades mientras almorzaba en la universidad, pero el Dr. Fausto Kingsley se encargara de dar caza a esas "bestias" a partir de ese momento la joven protagonista sera cazada por la organización conocida como "Hunters", ellos por su parte son el resultado de la unión entre una persona común y un Yokai.

En su aventura Lucy aprenderá a controlar sus habilidades, conociendo amigos y enemigos por igual, mientras trata de unir a todas las razas, sin darse cuenta que tal vez ninguna quiera estar unida y que podría causar una de las mas grandes catástrofes que se hubieran visto en el mundo, además de la posible extinción de las especie.