Capítulo 1: El milagro que cambió su vida

Luego de los sucesos con el Team Aqua/Magma, en Hoenn parece que la paz reinará así para siempre, pero algo arruina las expectativas y nuevamente Ruby, Sapphire, Emerald y Wally serán los héroes, pero esta vez, tendrán a una nueva compañera proveniente de un lugar muy desconocido.