Prolog-Ragut

Boboiboy telah menjadi salah satu daripada ahli ejen muda terawal di M.A.T.A akibat kejadian ketika dia berumur 8 tahun. Tapi, ketika berusia 10 tahun, dia terpaksa berhenti dari M.A.T.A kerana terpaksa berpindah. Sejak itulah, dia terputus komunikasi dengan M.A.T.A

5 Tahun telah berlalu, selepas penyerangan Niki ke bandar, M.A.T.A bertemu lagi dengan Boboiboy yang baru. Setelah menganalisis kekuatan Boboiboy yang kini, mereka mahukan Boboiboy kembali.

Adakah mereka berjaya?

Sekiranya berhasil, adakah Alicia akan terkejut bila dapat tahu yang ada ahli ejen muda yang dilatih sebelum mereka?

Siapa Boboiboy sebenarnya bagi M.A.T.A?

Apakah yang terjadi berikutnya? Manalah Author tahu. Baca jelah sendiri.