Permulaan

Cerita ini mengambil tempat selepas Ejen Ali The Movie. Selepas kejadian pemberontakan pinggiran, Ali tidak dibenarkan lagi memakai I.R.I.S, gadjet ciptaan ibunya. Walaupun hubungan Ali dan Alicia semakin baik, rakan² di Akademi M.A.T.A mula pandang serong kepada Ali dengan alasan Ali merupakan seorang pembelot.

Sebagain kawan baik, Alicia membimbing Ali untuk menjadi Super Ejen seperti ibunya, Aliya. Satu persatu cabaran yang dialami Ali sepanjang dia berusaha menjadi ejen yang berkemampuan sama ada mental atau fizikal. Namun, semakin kuat, semakin banyak cacian dan makian yang Ali dapat. Sejak itu, sikap Ali berubah terhadap orang yang membulinya