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5 años después de los acontecimientos de Megaman X6 Alía informa que han aparecido portales en diferentes sectores, X y Zero son enviados a investigar y con lo que se encuentran los deja impactados, portales interdimensionales han aparecido y su misión en descubrir porque se abrieron, como cerrarlos y que hay dentro de ellos, acompaña a X y Zero en esta aventura entre dimensiones y descubre que hay detrás de estos portales